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如何用 Zotero 统辖文献管理和学术笔记

2023 年 08 月 28 日

去年更新至 6.0 版本后,Zotero 已经具有一站式解决文献信息、PDF 文档和笔记需求的潜力。为此,本文将分享在 Zotero 中建立笔记系统,统一管理文献和笔记的心得。


Zotero 是大家耳熟能详的文献管理工具,一直因功能强大、免费开源广受喜爱。过去,我也一直使用 Zotero 管理文献。但受限于其早期版本比较简单的批注功能和笔记功能,之前我在读文献时,都会额外使用其它 PDF 阅读器和笔记软件。

去年,Zotero 6.0 版本加强了 PDF 文档标注和笔记编辑的功能,Better NotesZotCard 等插件的出现又进一步方便和丰富了笔记管理。经过一段时间的试用,我发现它已经具有一站式解决文献信息、PDF 文档和笔记需求的潜力。

这篇文章就和大家分享我在 Zotero 中建立笔记系统,统一管理文献和笔记的心得。

我的笔记工作流及痛点

先介绍一些背景。我是一名文科类的科研工作者,日常工作主要围绕着读论文和写论文展开:根据研究需要搜集文献,边阅读边思考相关研究问题,在想法基本成型后开始论文写作和修改。具体来说:

  • 在一个研究项目早期,我习惯先通读重要文献,随后集中整理与这篇文章相关的笔记。
  • 当项目不断推进,阅读和思考不断深入,我开始写一些综述性或论证观点的笔记,这些笔记通常要涉及多篇论文;阅读也以跳读或针对性重读某些章节为主。

在这整个过程中,涉及的文献数量通常很大,管理起来颇为麻烦,加上文献笔记高度依赖于原文,面临的最大的困难就是如何协同管理并联动使用这两者。

过去,我的工作流至少管理、阅读、笔记、写作共四个软件,需要来回切换。这倒不只是麻烦的问题,还涉及一些影响效果的实质困难。

  1. 难以整理批注。通读完文献后整理成完整笔记的过程,往往需要来回翻页寻找。特别是当文章较长时,不仅麻烦,还很容易有所遗漏。而且,有时我会担心自己理解不足甚至错误,因而希望在笔记中保留部分原文,以便之后核对,一条条复制粘贴的工作量也不小。因此,我特别希望阅读过程中做的批注可以更直接地提取到笔记中,方便我对这些材料进一步加工。
  2. 难以产生联动。理想情况下,我希望能从笔记一键回到相应的文献,反之亦然,方便核对或查阅上下文。如果文献和笔记分在两个软件中管理,就需要来回跳转并搜索。

总体来说,我阅读文献和写笔记的流程高度重叠和交织,因此会很期待两件事在一个软件中进行。这样,既可以避免反复切换、方便快捷,也更利于检索全面。

Zotero 6 经过升级的文献与笔记功能很好地解决了这些痛点。尽管它的笔记功能和其他专业软件相比仍然比较简单,不过基本的文本编辑、创建链接、导出等功能也算充分;至于缺少的更复杂链接或可视化功能,则不是我的必要需求。因此,我开始尝试将文献和笔记 all in Zotero。

如何联动文献和笔记管理

文献和笔记统一管理

在 Zotero 中做笔记最直接的便利,就是可以统一管理文献和笔记

统一管理首先让查找变得更容易。如图 1 所示,在 Zotero 中,一个文献的 PDF 版本和直接关联的所有笔记,都汇总在同一条目下;只要找到文献条目,就既可以找到 PDF 又可以找到所有笔记。

图 1 文档和笔记统一管理

从检索角度看,Zotero 可以按标题、作者、年份、期刊等排序和过滤(见图 2)。因此,当笔记也在同一个系统中管理时,同样可以通过这些信息辅助查询。

图 2 Zotero 主面板示意

统一管理也能促进文献和笔记的有效互动。

一方面,这方便边读边写。图 3 展示了在 Zotero 中打开文档后的界面,注意到右侧可以直接显示出相关的笔记列表,选中即可跳转。

笔记分为针对整篇文献的「条目笔记」(红框内)和针对局部引文的注释笔记。这里推荐安装 Better Notes 插件,它可以设置笔记模板。

图 3 文档和笔记在 Zotero 中同时打开

另一方面,从笔记也可以直接回到文献中去,甚至可以直接定位到具体页面。只需在做笔记时添加引用即可(如图 4 所示)。

图 4 从笔记回到文档的选项

上面所说的三点结合起来,就能使得文献和笔记在同一个软件中形成了有效的互动,既方便管理,又很好地避免了来回切换软件和多次搜索的麻烦。

一键汇总外部批注

文献大多是 PDF 格式,其原生的批注方式是高亮和评论。对此,Zotero 提供了直接从批注转换为笔记的功能。

无论是在 Zotero 内添加的批注还是另用其他 PDF 阅读器做的标注,都可以借助「通过注释添加条目笔记」功能,一次性抓取对这篇文章所做的所有标注(见图 5),并汇总成一篇独立的笔记。

图 5 通过注释添加条目笔记

前文提到,我精读的文章习惯是初读时在 PDF 上通过高亮和旁注做一些即时标记,之后再做整理,并写更深入的笔记。这一过程遇到的问题就是大量的批注来回寻找不仅麻烦,而且容易有所疏漏。有了 Zotero 后,抓取后生成的条目笔记就逐条陈列了各类批注,易找齐且无遗漏。

批注加工为笔记

Zotero 也提供了单条批注直接添加到笔记中的功能,在不通读论文的时候,我往往会使用这一功能。如下图 6—8 所示,高亮、截图或自己添加的批注都可以支持「添加笔记」。

图 6 选中文本后高亮
图 7 对高亮部分添加评论
图 8 以图片形式截取部分内容
图 9 创建新的评论

加到笔记之后的效果如图 10 所示,默认会按照添加到笔记的顺序(并非在文档中的顺序)排列。除了免去自己复制粘贴的麻烦之外,原始的标注颜色也会保留,这样可以很清楚地通过不同颜色来区分引文对自己的意义。

图 10 从 PDF 标注到笔记

更重要的是,添加进笔记的这些内容都会按引注规范,自动标明作者年份和页码信息。这一点对我来说尤其有价值。根据学术规范,论文中对待每一个观点或引用的来源都要非常谨慎。过去,我只能手动添加各种引用,而用上 Zotero 后可以自动添加,可以通过「在页面显示」功能一键回到原文,甚至可以直接复制到论文里使用,也绝不会有所遗漏。

图11 引文标示及回到原文

综合「通过注释添加条目笔记」和「添加笔记」功能,我实现了联动阅读时的批注和后续的笔记整理,更好地实现了阅读和写作的互动。

进一步优化:ZotCard 和 Better Notes 插件

不过,上面提到的场景还只是文献和笔记「一对一」联动的情况。实际研究和写作中,也常有许多跨越单篇文献做笔记的需求,而 Zotero 目前对这些笔记的管理并不友好。

从图 12 可以看到,Zotero 笔记库的管理功能还是相当粗糙的,几乎就是根据编辑时间依次陈列,也无法单独对笔记做其他操作。

图 12 Zotero 笔记库

好在,Zotero 具有开放的插件生态,可以通过第三方插件来完善使用体验。这里,我想重点推荐 ZotCard 和 Better Notes 这两个插件,它们提供了笔记关系可视化的初步方案。

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