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我「开源」了自己的脑袋

2023/05/16 10:37

如何把大脑变成数位模型?


TL;DR

  • 我决定在 GitHub 上以 CC0 / MIT 协议开源自己的磁共振脑影像,使其进入公有领域,并放弃自己对于这些文件的所有权利,希望能够为这个世界带来一些微小的变化。
  • 你可以根据本文提示下载对应工具以查看这些影像,也可以按照自己喜欢的方式使用它们。
  • 如果你也想获取自己的大脑或者任何身体部位的数码图像,我也为你提供了简单的操作步骤。
  • 请不要出于好奇或者好玩而占用医疗资源,也请谨慎斟酌「开源自己的身体模型」这件事。

前言

促使我做出这个决定的原因有很多,但最值得拿出来说的是,它看起来很像是某种行为艺术。我希望能够展现出一种与当下「闭源商业化人工智能」相左的姿态,虽然你不能给这玩意插个电让它动起来(你应该也不想这样做⋯⋯吧?),但我们的确有很多相当好玩的事情可以做。

对了,额外插一句,我这颗脑袋也是一颗被两百万人围观过的脑子,「老奇好好奇」创作的影片《核磁共振为何知道》中提到的那个「朋友的脑子」,就是我的脑子啦!视频做得很好看,如果你还没看过的话推荐看一看!

一些你可以直接切片观察的脑影像

这次提供的影像包括了一份清晰度不低的 T1 结构像以及它的各种副产物。T1 这个词听起来很抽象,但简单来说,它是一种能够我们精细观察大脑结构的成像方式。这种影像看起来非常符合大家的直觉,最白的就是骨头,灰一点的就是脑子,黑一点的就是脑子里的水(脑脊液)。

除了这份完整的 T1 影像,我还额外对这些信息做了一些处理,像是挖出来的脑仁影像、各种组织结构的三维模型,还有各种大脑分区的标记影像等,这些影像都可以帮助你更好地观察一个人的脑袋切开之后究竟长成什么样子。

如何看到我的脑子?

如果看到这里你还没有关掉的话,就可以考虑开始下载对应的软件来进行大冒险了。如果你不想对我的脑袋做一些特别事情的话,只需要 MRICronGL 一个软件就可以完成对大部分模型的观察工作了。

当你打开软件,并且进入文件 raw/Structure.nii,看到的第一个景象或许是这样的:

你看这个脑袋,它又大又圆!

有点酷,但好像也有点烂,好像大部分医生看的片子都长这样。或许你已经在电视剧里看到过很多类似的图像了,但是如果我们点选菜单栏当中的 Display > Render,就会看到另外一个虽然很不实用但是非常酷炫的图像了——哇!一颗大光头!

你看这颗脑袋,它又红又甜!

这便是三维重构之后的一颗脑袋,你看他又大又圆,又红又甜!——磁共振扫描的过程中在做的事情是一片一片地对我们的头部切面进行采样,最后得到了一打二维影像。这些影像的拍摄方向是从头顶往下看的切片图,这时每一个像素都可以被视作是一个有厚度立方体(我们称之为体素),如果像搭积木一样重新把它们堆砌起来,最后就会得到一颗很立体的形象了。

从上面这张图当中,你可以清晰地看到我的脑袋被塑料头套勒出的痕迹,还能看到我的眼睛鼻子嘴巴和耳朵,但是却没有头发。这是为什么呢?因为头发里面没有水。如果我在上台子之前洗过头的话,或许你就能看到我稀疏的头发了。不过没头发的我好像也挺帅的(挺胸)!

从现在开始,就有很多有趣的事情可以做了,比如说,把头一点点切开来看看里面究竟长什么样:

比如说我们可以一点点地把它切开

你甚至可以调整 Cutout 这个参数来控制切片旋转的方向,从更多的角度来观察皮囊之下,我们的脑袋究竟长什么样子:

我们还可以转着切

或者调整 DarkestBrightest 两个参数,来真正看到内部结构的三维形态。

透过骨头和皮肤来看看里面长什么样

除了这些基础款的观察方法,这个仓库当中还提供了被完整剥出来的大脑影像,你可以打开 Structure.bse.nii.gz 这份文件,并且用类似的切片和透视方法来观察这颗还算漂亮的脑仁。

如果把脑子抠出来的话,它就是这个样子的!

虽然每个人的感受可能都不一样,但是第一次打开这个影像并且开始把玩自己的脑袋时,我内心当中还是有些激动和复杂的情感的。我曾经非常开心的玩过这些数据,比如把它们导入到 Python 当中做各种各样的处理,最后把自己脑袋变成了一个悬空的电子幽灵,或者想办法把自己的血管抠出来观察里面的结构。

如果你感兴趣的话,欢迎做一些更好玩的尝试,并把你的玩法分享给大家。

一些你可以用来做艺术创作的素材

除了这些你不能直接用的素材之外,我还「贴心」地为你准备了一些由真实结构生成的三维模型,你可以直接将它们导入到 PowerPoint 当中做成幻灯片,当成三维打印的素材,或者用来制作一些渲染工作。

这个仓库当中同时提供了皮肤组织表面的模型、颅骨模型、大脑表面模型、浅层及深层组织的模型。涉及到脑组织的模型还有分开左右两个半球的版本,配合 Windows 自带的 Paint 3D,你甚至还可以直接在上面涂涂画画然后导入到 PowerPoint 当中做成风格独特的幻灯片,像是这样:

一些你可以拿来做 PPT 的思路

虽然在做这份 PPT 时我还没拿到自己的影像,用了一个授权很模糊的模型,但理论上讲你也可以用我上面提供的模型来做类似的事情。对了,这份 PPT 本身也是开源的,如果你感兴趣的话可以下载回来研究一下,里面有很多值得参考的动画技术。

当然,除了这些一般用途之外,可玩性还是很多的,比如说我曾经还尝试过把这个模型做成一个水壶,用来表达「我脑子进水了」的意向,可惜因为太菜了最后没搞定这件事。

如果你也想做一份赛博大脑的话

这听起来很吸引人,毕竟那个男孩子不想拥有属于自己的赛博大脑呢?但这并不容易,因为无论是在高校内部,还是在医院,磁共振机器的机时都是很贵的。但如果你真的对此感兴趣的话,我可以为你提供几个可以帮你获得自己磁共振影像的方式。

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