引言
Zotero 是最知名的文献管理工具之一，解决了学术用户的诸多痛点。它支持大量文献数据库，可以一键从网页抓取文献元信息和 PDF 版；也可以根据扫描 PDF 文件的结果，自动从云端提取准确的文献元数据。这省去了很多繁琐的人工录入与校对操作。
我从 2008 年就开始使用 Zotero。尽管其间也曾经因为需要处理中文文献等原因，切换过其他的文献管理器，包括 NoteExpress 和 Mendeley 等。但几经波折，最终还是 Zotero 成为了我长期的文献管理工具。
这并非是我一个人的选择。Zotero 的流行，使得是否支持与它互通，甚至会成为影响其它工具竞争力的因素之一。一个有趣的轶事为例：在 Heptabase 的新用户指导活动中，创始人 Alan 一听对方是学术用户，第一句话就是「不好意思，我们目前还没能支持 Zotero」，以便节省双方沟通的时间。
然而， Zotero 的可用场景和链接粒度，一直不能满足我的需求。
移动互联时代，我们更多时候采用移动设备办公，包括利用零碎时间读文献。而 Zotero 长期以来都没有官方移动端。我曾经在 iPad 上面使用 PaperShip 将就，但是效果很糟糕。前些日子因为发现 LiquidText 支持了 Zotero 整合，我还着实兴奋了一把；但那毕竟比不上官方版本，也需要额外的开支。
更要命的是，论文阅读往往需要面向将来的输出做准备，我们时刻都需要保留引文和批注的来源和上下文线索。理想情况下，我们希望通过「深度链接」的功能，获得指向特定页面甚至特定标注的链接，以便日后交叉回顾；这也是 MarginNote、LiquidText 和 Hook 等较新工具的主打功能之一。
相比之下，过去 Zotero 的定位能力非常初级，只能到文献这一层级。对于两三页纸的短论文，这还可以忍受。但是面对几百页的著作、毕业论文和长篇报告，缺少定位精准上下文就显得非常不便；尤其是对于我这种懒人。
诚然，Zotero 具有插件系统，我也曾利用 Zotfile 等第三方插件来解决上述部分问题。但是除了 Better BibTex 之外，几乎所有的插件都被我从 Zotero 移除了出去。无他，不好用。
上周五，经过长期的测试，Zotero 6.0 发布了。这个消息让人兴奋不已。
Zotero 6 在界面、功能和生态系统方面都做出了重大更新。 经过试用，我发现上述痛点几乎都在这个版本里面得到了解决。可以说，经过这次更新，Zotero 的定位越发从一款文献管理工具，变成了知识管理与综合工具，覆盖了文献移动阅读、笔记内容综合，以及通用文本格式与其他工具深度整合能力。
下面咱们就一一来讲讲。
iOS 版千呼万唤始出来
首先一项重大成就，是 Zotero 终于有了移动版。目前率先上线的是 iOS 版本，也针对 iPad 做了优化。（暂时还没有 Android 版的消息，不过 Zotero 正在 招聘 Android 开发者……）
至于很多人关心的数据同步问题，Zotero 移动版支持与桌面版相同的 同步功能，即注册账户后可以免费同步不限数量文档的元数据，以及 300MB 的云端存储空间，或者使用第三方 WebDAV 存储。
为了节省空间，移动版 Zotero 默认只同步元数据，不包含 PDF 文档。需要的时候，你在对应文献条目点选一下，对应的 PDF 就自行下载了。
Zotero 移动版支持在应用内直接阅读和批注 PDF 文件。 这与 iOS 上其他的商业 PDF 阅读器相比并不算惊艳；但是，从学术研究的需求出发，它覆盖了文本高亮、添加注释、图片选择、自由绘制等，其实也很够用了。（如果你觉得这个界面与知名 PDF 阅读器 PDF Viewer 有些神似，那是因为 Zotero iOS 版使用了 PSPDFKit 框架，出自同一开发者之手。）
下面介绍几个我认为比较实用的。首先是区域选择。
其次是特别适合 iPad 场景的自由手绘。 其实我读论文的时候最爱做的，就是留下类似这种「到此一游」的随意批注，回头再进行细致整理。
上述的标注结果，都可以在左侧边栏汇总。 而且，点击标注，你可以跳转到对应的边栏位置。 反之，点击左侧边栏上的某张缩略图，也可以跳转到对应的标注上。
得益于同步功能，所有在移动设备做出的标注，都可以实时在桌面端反映出来。 我也建议在移动端以阅读和批注为主，后续的加工操作，建议在桌面端进行。
全新桌面端：PDF 批注和笔记编辑
除了全新上线的 iOS 版，Zotero 的主阵地——桌面端应用也有了脱胎换骨的变化。
标签界面与 PDF 阅读器
你可能已经注意到，新版桌面端使用了标签式界面。 这显然是为了配合新增的内置 PDF 阅读功能而设的——每一个新开启的文档，都对应一个标签。
桌面端 Zotero 的 PDF 阅读器基于源自 Firefox 浏览器的 PDF.js，功能范围上与 iOS 版基本相同。
值得一提的是，添加的批注默认是存储在 Zotero 数据库、而非 PDF 文件内部的。如果这不符合你的习惯，可以随时通过「文件」菜单中的选项在两种批注形态之间相互转换。
强大的笔记编辑器
不过，桌面端的此次更新的最大亮点还是大幅强化的笔记编辑功能。
首先是最简单的用法：在文献中高亮文字、添加批注后，可以直接拖动（或点击右键选择添加）到笔记编辑器的指定位置。 添加到笔记的注释将自动包含指向原始 PDF 页面的反向链接，以及类似论文格式的括号引注。
你还可以一键将所有批注全部转化为笔记。
点击笔记，选择「显示位置」，可以立即跳转到 PDF 对应位置，查看上下文。
别小看了这个笔记编辑器，它蕴含的功能可不逊于一些独立的笔记软件。
如果你觉得笔记编辑窗口有些小，可以将其开启为一个独立的窗口。 这样用起来就方便多了。
笔记内部，每行都是像 Notion 笔记那样的「区块」（block）形式，可以任意拖拽排序，调整大纲级别和字体，以及选用不同高亮颜色。
此外，你可以在笔记中全文检索，精准定位某个出现的关键词。甚至可以通过搜索文献库的方式，再度添加其他文献的引用——是不是有点卡片笔记的手感了？
从多篇文献整理笔记
单篇文献的笔记，用处有限。好消息是，一则笔记并不是只能绑定在单篇文献上，而是一个相对独立的文档，可以跨越并汇总来自多篇文献的内容。 这样，梳理文献的时候，你就可以从多篇文献来构成背景和知识地图。
操作上，当你在一篇文献中打开笔记侧边栏后，如果再从资料库打开其他文献，原来的笔记会继续在右侧显示，方便从当前文献继续添加。同样地，每一条笔记都可以显示原始出处，并且可以方便地跳转到精确的上下文。
除了将文献批注转化为笔记，你也可以打字编辑任何内容补充到笔记中。这样一来，你就可以把多篇笔记中的文本、图片和自己的思考熔于一炉。
从卡片笔记工作流的角度看，来自单篇文献的笔记，就类似于「文献笔记」（literature notes）。而在笔记编辑功能的辅助下，你可以把来自多篇文献的「文献笔记」通过综合，形成「长期笔记」（permanent notes）。 长期笔记是你后面论文写作的「预制件」。有了它，你后续的论文写作，就从痛苦码字变成轻松「拼图」，也就是所谓的「写（笔记）在写（论文）先」。
多样的输出格式，首次支持 Markdown 导出
为了方便科研人员的写作，Zotero 笔记提供了多种输出方式。
首先是传统的与 Word 等字处理软件整合，这在此次更新中进一步得到打磨。
例如，上面介绍的笔记可以直接通过引文格式插入到 Word 中了。
你自己的批注和笔记，以及摘取的图片等都一应俱全，而且所有引用的出处都有保留。 尤其智能的是，如果你的笔记中包含对来源文献的单篇文献的笔记，用处有限，那么在插入到 Word 时也会自动加上引号。添加参考文献时，笔记中引用的文献也会被追加到参考文献列表中。
而如果你跟我一样，更喜欢使用 Markdown 写文章，那么这次 Zotero 6.0 的升级会让你很开心。 因为笔记可以直接输出为 Markdown 格式。
如果你使用 Heptabase 这类新型笔记工具，这也就意味着从 Zotero 导出的笔记可以直接粘入，同时保留全部样式甚至深度链接。这能带来的便利和集成度是不言而喻的。
Safari 扩展支持
另一项对于 Apple 用户利好的功能是，Zotero 新版中内置了原生 Safari 扩展。
众所周做，从浏览器识读和抓取文献（或网页快照）一直是 Zotero 的拳头功能之一，但此前一直只能在 Chrome 和 Firefox 浏览器中使用。此次升级后，Safari 终于不再是「二等公民」；只要去偏好设置中启用名为「Zotero Connector」的扩展，就可以实现完全相同的内容采集能力了。
在 iOS 上，Zotero 也提供了类似功能，从 Safari 的分享菜单中选择其图标，即可快速捕获当前网页书签或者网页上的文献。
小结
本文为你介绍了 Zotero 6.0 的主要功能。
这次的大版本更新，让你可以随时进行文献的阅读、标注，所有的客户端实时云端同步，不必担心这些高亮和标注被忽视和丢弃。你可以在桌面版本进行跨越文献的综合加工，并且快捷输出为文章成品，或者把你的知识萃取和思考结果，融入到「卡片笔记写作法」的工作流程中。
除此之外，这个版本还有很多的功能细节改进。篇幅所限，这里就不一一展开了。你可以 阅读官方说明 查看更为完整的介绍。
尽管还有可以打磨和优化之处，但瑕不掩瑜，我想说，Zotero，干得漂亮！
对 Zotero 这次更新，你是否像我一样感到激动和满意呢？欢迎把你的使用心得分享在留言区，咱们一起交流讨论。祝文献阅读愉快！
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