2019.3添加
更新更好的方式
在MIcrosoft Store中搜索一款名为EdgeTile Creators的app,这款app可以通过手动编辑执行路径的方式,生成一个完全自定义的磁贴,其设置执行参数的部分更是完全匹配Chrome app的执行方式,你可以在对应的Chrome app的执行文件的 属性 - 快捷方式 - 目标中找到执行路径和参数。
不过这种方式也只适用于win32平台的应用,uwp app和转制到商店的app因为没法直接使用exe文件执行,不适用此方法。

2018.7添加
本文内容中关于在开始界面正确显示chrome app/网页快捷方式的方法已失效
如有需要,请使用复制chrome.exe,并将chrome app/网页快捷方式的目标指向chrome.exe副本的方式
注:
本文适用于 Windows 10 与 Chrome 用户。
本文适用于以开始菜单磁贴取代传统桌面快捷方式的用户。
在 win10 中使用 Chrome 作为主要浏览器的用户可能遇到过这样的问题:将 Chrome App 或是网页快捷方式 pin 到开始菜单后,仍显示一个 Chrome 图标,而且是黑色背景,十分碍眼。
笔者也遇到过类似问题,今天就来分享一下如何解决这一问题。
Step 1. 将 Chrome app 或网页快捷方式 pin 到开始菜单
对于 Chrome app 可能较为简单,在 Chrome 左上角找到 Chrome app 入口,在对应 app 图标上右键选择「创建快捷方式」。此时在跳出的对话框中勾选开始菜单而不要桌面,选择确定。

对于网页,则需先打开至该网页,然后「点击 Chrome 右侧菜单图标 - 工具 - 添加至桌面」。(此时会在传统桌面创建一个 快捷方式,可手动删去)

此时仅是增加到了开始菜单目录,还需在「Chrome 应用」文件夹下右击 pin 到开始菜单

此时你会发现图标仍是一个难看的 Chrome 图标。接下来将是修正图标。
Step 2. 删除配置文件
删除与chrome.exe文件同位置的chrome.VisualElementsManifest.xml文件,
当然,为了确保安全,可以将其改名而不是删除。

将后缀名改为xml-b

Tips:
推荐使用独立窗口打开 chrome app,例如 google photos/keep/youtube 等,对于一般网页,若是需要切换 url的,推荐不是用独立窗口,因为切换 url 时会重新使用 chrome 打开新标签页;不过对于不切换 url 的页面,如telegram web,则可勾选使用独立窗口。
另外在 windows 商店有一款名为 Pin More 的 uwp app,对于某些情况下的网页快捷方式的图标有更好的显示方式,诸位可自行查看,在此不多做介绍。主页链接: http://www.snowydune.com/
本文方法参考自:https://youtu.be/ISvelu_dym4