如何处理参考文献

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之学术狗的日常 : )

如果你是一个想快速的找到目标参考文献的人,或者一个效率狂人,不妨花几分钟看一下这篇文章。那如果恰好你也有提高效率的方法,那么可以一起交流。

从我自己的角度,这篇文章的受众主要为博士生。因为他们需要翻阅大批量的文章,需要撰写动辄就上百页的毕业论文,博士期间翻阅的文章更是数不胜数。然而在我刚读研的时候,没人教我如何应对文献。这点知识都是自己零零星星积累起来的,也走过很多弯路。曾经用过一个下午的时间,将文献导入Endnote;曾经还看见某个师兄手动插入参考文献。这很浪费时间啊!省下来的时间,无论是运动、看一部电影还是谈一谈恋爱都是极好的。为什么要跟「调整参考文献的顺序」这事儿纠缠一天呢?甚至我的这位师兄在交稿之前还在调整参考文献的顺序。

我12年开始读研,第一学期主要修学分。上课的时候试过用iPad记笔记,下图是其中一门课的两个截图。

现代分析基础.jpg

                                                           1.现代分析基础

2.实变函数.jpg                                                               2.实变函数

当时用PDF Expert配合dropbox。当年也折腾过很多笔记应用和电容笔,详细见知乎答题,而且当年dropbox还没有被封。如今笔记应用只留下了Note Shelf。 折腾iPad应该是我追求效率的开始。

目前正在国外交流。在这所坐标硅谷的大学学到了很多学术方面的工具,所以一开始就简单介绍一些我们实验室的工作流吧。

  • Lab wiki

    实验室有自己的wiki。从作息、汇报格式、实验方法,甚至是哪个仪器放在哪个柜子里都能在wiki上查到。我不知道wiki是谁搭建的,但是效率极了!不必再去跟新师弟一遍又一遍的讲,这个CCD的文件在哪里,那个灵敏度分辨率公式是什么,少说废话就是提高效率。当然,Lab wiki是不对外开放的,我也就不截图放出来啦。

  • 共享日历

    接着大家共享一个google calendar。如果你想约教授面谈,直接提前一天录入日历,到时间直接去就可以,如图3。

    Screenshot 2016-10-20 14.28.07.png                                                          3.日历共享

    其中青色的SBO是实验室的共享日历。我在周五下午一点半约见了老师,像MCL同学约在下午两点。大家能看见彼此的日程,所以也就不存在冲突。

  • Group meeting

    组会大家使用Online的google slides。你可以点击这一链接看我weekly update的slides。不必去拷ppt也不必在一台电脑上狂插U盘。我个人很不喜欢在电脑上插U盘。我的电脑是不装杀毒软件的,谁知道U盘里有什么东西。还因为有时候U盘要识别好一阵子,搞到最后你的office2016在他的office2003上还打不开,真是尴尬。Google Slides 只要有网,就可以在线编辑。更方便的是在实验的时候,可以直接把数据放上来,也省去了制作ppt的过程。毕竟目的是汇报一些实验结果。

    Screenshot 2016-10-20 14.32.19.png                                               4.高颜值的Google slides

    提高效率就是为了省出多余的时间,干自己想干的事。当然在Stanford,我感觉大部分人多出来的时间是做「另外」的project。对我自己来说,多出来的时间我会好好休息就是这么简单,就让一些程序化的过程交给软件吧!

找参考文献

搜索文献的方式分为主动搜索和等待推送两种

  • 强目标性的主动搜索
    我一般会用 Google Scholar 搜索关键词。例如「full field optical coherence tomography」,然后在左侧边栏有选定的日期、文章、类型等。如下图所示。

Screenshot 2016-10-20 14.05.38.png                                                              5.Google scholar

更快捷的是左上角的google scholar插件

上周参加了的一个搜索文献的workshop,里面提到了其他方法。比如到固定网站资源库Stanford library、iEEE Xplore里去搜索特定文章。我是觉得不方便,如何确定资料库全和新?另外,像学校EE library的资料库是只有Stanford的在读学生可以拿到的权限,毕业之后学校邮箱是注销的,积累的文献还要再导入导出,不是长久之计。作为一个可能学术坟墓已经埋到胸口的人,还是保守一点就用google scholar。

根据研究领域的不同,也可以去专属领域的网站搜索文章。在工程类偏向生物医学光学的领域,主流的有美国的OSASPIE和欧洲的ELSVIER。另外上面的网站有很多相关领域的国际会议,可以跟国际同行交流,对自己或许是一件好事。

  • 等待推送

等待推送表示这是可以利用碎片时间瞟一眼的文章,有空的时候看一看title和abstract就好。
在我开始用rss feed订阅的时候,google刚刚放弃了这项业务,大家好像不太接收这样点对点的精确订阅。可能是大多数人不知道自己要什么,于是什么都想看一看,殊不知这是很浪费时间的,要用「断・舍・离」作减法来生活,这又是另外一说了,暂不开坑。
工具上,我使用inoreader提供的服务,配合阅读器Reeder阅读。Inoreader本身也提供阅读器,但不适合我。不过在BB10系统上只有这个,实属无奈之举。我订阅了光学的大多数摘要feed:OSA和SPIE旗下的杂志、OCT聚合类网站OCT news和漫画的Ph.D. comics,如下图:

Screenshot 2016-10-20 14.59.39.png                                                                6.学术类RSS

订阅如山倒阅读如抽丝。这个道理哪里都是一样的我要忏悔。

Inoreader还提供全局搜索功能,之前用的feedly只有付费用户才有,于是我放弃了它。比如我只想看关于FF-OCT(Full-field optical coherence)关键字的文章,只要在左上角搜索「full field」就可以了,在成百上千个摘要里面精确定位,这很方便。

Screenshot 2016-10-20 15.01.57.png                                                          7.Inoreader的搜索功能

管理参考文献

  • 随时打开想看的论文是一项本领

在下载了成千上万篇文献后,如何安置它们也是一门学问。早期我用「手动打标签和脑袋记忆」的方式归档文献。

Screenshot 2016-10-20 15.25.47.png                                                                 8.手动打标签

例如,如上图8.在dropbox建立一个叫reference的文件夹,里面文献名称按照「日期 杂志编号 文献名称」的格式命名。在 iOS 和 macOS 上使用PDF Expert。在windows上就 whatever you like 了。这是最古老的方式,学术汪需要建立自己的资料库。无论何时何地,当你碰巧有idea然后遇见一个professor的时候,打开iPad啪啪两下,对面教授的文章就躺在那儿,然后你就可以和他聊你的想法了,这是一个很好的开场,在学术圈,没什么比「对方把你的文章打开给你看」显得更尊重的事情了,至少我这么觉得。顺便说一句,好的教授从来都是看文章的,像我们高老师,那才配的上学者、教授的称号。

有了文章,引用又是一件麻烦事。Endnote是我唯一推荐的管理文献软件,如图9。

Screenshot 2016-10-20 15.31.12.png                                                            9.Endnote

它可以根据你的目标杂志,套用对应的引用格式。不同杂志的参考文献格式差异很大,英美杂志更是风格不一样,哪里需要斜体都是一门学问。修改文章的时候文献的序号会随着你的修改而变动,这是Endnote的特色,也是我最满意的地方。不再需要手动一个个标序号。就像开头所讲我某师兄的博士论文,那参考文献就是手动打上去的。所以在他改论文的那段时间,我每次叫他一起去健身房,他都说,这几天忙着标参考文献没时间。我简直要疯。当然Endnote是在你下载文献和citation的时候加进去的,并不是自动生成。它本身也确实是可以联网看文章,但也是要点击下载同时导入的。

简单讲一下插入文献的方法。我都不知道改怎么说了,实在太简单了。 

  1.  点击左上角「insert citation」会出现图11
  2. 搜索你想插入的文献点击「insert」
  3. 可以在菜单style下修改格式

Screenshot 2016-10-20 15.41.22.png                                                                11.插入文献

下图为我正在写的文章的部分参考文献:

Screenshot 2016-10-20 15.41.45.png                                                        12.自动生成的参考文献

进阶

需要将Endnote的资料库文件夹和后缀.enl的文件,放进dropbox时刻保持同步。也就是说只要dropbox不倒,你就有两个随时同步的资料库(Plan B的拥趸)。我要忏悔一下这个endnote是试用版,所以不能全平台同步,这是我能想到最好的同步endnote的方式。

Workshop里老师还提到了MendeleyResearch Gate。前者是Stanford students only;后者比较混乱,有好多教授并没有加入ResearchGate,让教授们搞Facebook那一套社交,有点搞笑。最近Endnote要升级X8,我觉得如果你是研一的博士生,就直接购买吧,没什么好犹豫的。

学术中用到的好的工具

  • Grammarly
    这是一款全平台、嵌入式、纠正拼写错误的语法软件,去年黑色星期五半价果断入手。一开始我以为只有我这样英语基础语法差的人才用,到昨天看见实验室native English speaker的Mike同学也在用这款软件,哈哈,真的很不错。它的高级功能在word里可以文献查重、润色修饰词、纠正语法,好用极了。

  • 学术海报
    我第一次去参加会议带着的海报是请同学做的,后来同学毕业了,我就只能自己搞定了。这儿,我建议用LaTeX制作海报,第一它是排版很美观,第二有了模板之后一劳永逸。那么首先我们得装LaTeX,可以根据这个配置sublime text和LaTeX,然后一条条指令编上去。也可以使用模板修改代码和插入图片图片,图13是Sublime text的编辑界面的示例;图14是我随便生成的一个充满学校logo的海报。

Screenshot 2016-10-20 16.14.12.png                                                    13.Sublime text编辑界面

Screenshot 2016-10-20 16.14.48.png                                                   14.Sublime text生成的海报

恩,我是觉得coding很酷,啪啪几下可以出效果。如果你觉得这太麻烦了,也不想配置LaTeX,我要隆重推荐Overleaf。它可以直接在线生成各种格式的文章、海报、简历,一切有格式的东西都可以在上面完成,而且所见即所得。举个栗子,图15就是随便找了一个模板生成的海报:

Screenshot 2016-10-20 16.26.04.png                                             15.Overleaf在线生成的海报

除此之外,Overleaf像Google docs一样,可以合作修改项目。只要在分享链接时选择只读或者修改模式即可。

  • Canvas
    课程管理软件,当然如果你的老师不用你也就没法用了。整合了所有的教案、课后作业、通知,界面整洁,想起以前本科的时候,下课也就五分钟,还要排队去拷课件,真的好搞笑。

Screenshot 2016-10-20 16.32.06.png                                                                  16.Canvas

总结

本来我结束的标题是「春・日光」,后来跟小编沟通之后觉得Matrix是一个严肃的、垂直的、偏向互联网相关网站,我就改成了学术狗通常的--「总结」。 

写了这么多,从一开始的「管理参考文献」到整个学术生涯的「工作流」,好像这四年被回顾了一圈。目前正在着手我的毕业论文,其实我的工作量还不够毕业,一直希望有时间回顾整理一下使用过的工具和方法,并记录下来。一直以来,跟做实验看文章一样的日常,是翻看少数派的Matrix(好像目前只对部分人开放),从中学到了很多提高效率的方法。尽管明天中午约见了professor,而我的任务也还没有完成,但还是坚持完稿,觉得这很有意思,哈哈。至于教授的任务那就熬夜或者再说吧。

最后,如果在国内不方便使用Google的一些服务,我的建议是搭梯子,这是我在国内时24小时用的科学上网。其它不说,在Youtube看综艺都是没有广告的(我好low),恩,就是这样。


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信息获取与知识整理

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书本、RSS、新闻、社交网络都是获取信息的途径。如何筛选这些信息、用什么 App 阅读、阅读后如何整理,这些都是我们关心的问题。欢迎你在这个专栏分享中分享阅读的方法与体会。

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